O Instituto de História da Arte foi criado na sequência da reforma de 1957, que conferiu autonomia ao curso de História no quadro orgânico da Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa. Já antes, com o advento da República, que levou à constituição da secção de Ciências Históricas e Geográficas, complementada a partir de 1926 com o aparecimento da secção de Ciências Histórico-Filosóficas, a História da Arte era uma disciplina dignificada na Faculdade de Letras por nomes como João Barreira (1866-1961) e Mário Tavares Chicó (1905-1966).

Sucederam-se os magistérios de José António Ferreira de Almeida (1913-1981), de Artur Nobre de Gusmão (1920-2001) e de Jorge Henriques Pais da Silva (1929-1977). Este último, com a colaboração de vários assistentes, iniciou em 1974-1975 uma pré-especialização em História da Arte, com núcleos de cadeiras e seminários especializados. Com a morte prematura do Professor Pais da Silva, a orientação da História da Arte no Departamento de História da Faculdade de Letras de Lisboa ficou, durante os quinze anos seguintes, entregue ao Professor Manuel Mendes Atanázio (1927-1992). A ele se ficou a dever a criação da variante de História de Arte da licenciatura em História, que constituiu a primeira variante de um curso de História formalizada em Portugal. Antes de falecer, em 1992, teve ainda oportunidade de criar o primeiro mestrado em História da Arte. À sua morte, a secção de História da Arte beneficiou da coordenação da Professora Maria do Rosário Themudo Barata de Azevedo Cruz e contou com a colaboração do Professor Jubilado Artur Nobre de Gusmão.

Em 1995, o Professor Vítor Serrão assumiu a direção da área de História da Arte, abrindo no ano seguinte o novo mestrado em Arte, Património e Restauro e projetando, no ano letivo de 2002-2003, o curso de licenciatura em História de Arte, em substituição da variante de História de Arte da licenciatura em História. Em 2004 era criado o primeiro curso de doutoramento escolarizado em História da Arte.

Em Junho de 2009 foi constituído como uma nova Unidade de Investigação, designado ARTIS - Instituto de História da Arte.